Die aus der Vierung zugängliche Unterkirche birgt die Grabstätten der beiden Kirchenpatrone, Ulrich und Afra, die jeweils unter den Seitenaltären angelegt sind. Sie bilden so in übertragender weise die Grundpfeiler des Kirchenbaus. Die zum Ulrichsfest 1962 eingeweihte Gruft entsprang dem Wunsch nach einem Betraum nahe den Gräbern der Kirchenpatrone. Konzipiert wurde die Unterkirche von Josef Wiedemann aus München, Altar und Tabernakel entwarf Blasius Gerg, München-Unterhaching.
